1900年（明治33年）の八日市-日野間開通時に開業しました。
趣のある木造駅舎は地元・日野町の協力も得て2019年に改修されました。
駅舎内には観光交流施設「なないろ」が開設され日替わりでカフェなどの営業をしているほか、一角が観光案内所となっています。
対向式ホーム2面2線構造の交換駅ですが上下線の間には中線が引かれており、供用されている線路の違いにその歴史を垣間見ることができます。
駅舎の上り方には日野駅鉄道ミュージアム「鉄道資料展示室」が併設されており、日野駅を中心とした歴史や鉄道用品の展示されているほか、駅舎下り方にはかつて近江鉄道にて使用されていた貨車移動機『タッグローダー』も展示されています。